Kapal patroli merupakan salah satu unsur utama dalam penegakan kedaulatan di laut. Kekuatan kapal patroli saat ini sudah mengalami kemajuan yang signifikan. Kemajuan tersebut jauh dari yang diharapkan baik kuantitas maupun kualitas dihadapkan dengan luasnya daerah operasi seperti di daerah Laut Natuna Utara. Kondisi wilayah operasi di perairan Laut Natuna Utara yang sering mengalami cuaca yang tidak bersahabat terutama pada bulan Desember sampai dengan bulan Maret. Kondisi cuaca dan luasnya daerah operasi tersebut menunjukkan bahwa perlunya dilaksanakan pemilihan kapal patroliyang sesuai dan dapat dipertanggungjawabkan. Penelitian ini bertujuan untuk memilih alternatif jenis kapal patroli yang sesuai untuk melaksanakan operasi di Laut Natuna Utara. Metode Benefit Cost Ratio(BCR) dan teori gelombang laut menjadi metode yang digunakan untuk memecahkan permasalahan yang terjadi di Laut Natuna Utara. Berdasarkan penggunaan metode dan teori diperoleh prioritas alternatif kapal patroli yang terpilih yaitu kapal patroli jenis “C†dengan nilai bobot 1,5dan aman untuk melaksanakan operasi berdasarkan analisis gelombang laut.